水下文物保护区制度是根据水下文物保护特殊性确立的一项重要制度，是实施水下文物原址保护的重要手段。随着水下文物资源调查和水下考古工作的进展，划定公布水下文物保护区的需求日趋增强。此次《中华人民共和国水下文物保护管理条例》修订根据形势发展和实际需要，对划定公布水下文物保护区的情形、程序、保护措施等做了具体规定，为今后各地划定公布水下文物保护区提供了明确的依据，增强了可操作性，具体制度包括：

一是明确水下文物分布较为集中、需要整体保护的水域可以划定水下文物保护区；

二是明确划定调整水下文物保护区应当征求有关方面意见；

三是明确水下文物保护区应当制定保护规划，明确标示范围和界线，制定并公布具体保护措施；

四是规定水下文物保护区内的禁止行为。